A través de la Dirección de Identidad y Misión, se busca que los miembros de la comunidad universitaria se apropien de la naturaleza, identidad, misión y valores institucionales, promoviendo el aprendizaje de la praxis cristiana mediante servicios pastorales, la coordinación de servicios académicos y el fortalecimiento del bienestar y la buena convivencia. Además, se fomenta el diálogo entre fe, ciencia y culturas mediante el desarrollo de asignaturas vinculadas a la identidad y misión de la PUCE, junto con investigaciones y actividades de vinculación que refuercen estos valores. Del mismo modo los estudiantes participan en actividades orientadas a promover el bienestar comunitario, el desarrollo humano y el fortalecimiento espiritual, apoyando el crecimiento de comunidades en situación de vulnerabilidad en el Ecuador mediante la evangelización, el servicio social y voluntario.